Após ter falhado em sua tentativa de trazer Sasuke de volta para a vila de Konoha, Naruto descobre que tem pouco mais de três anos para poder se preparar para um confronto com Orochimaru, que seria quase o mesmo tempo que ele deverá esperar para conseguir transferir sua alma para o corpo de Sasuke. Naruto também terá que se preparar para um eventual confronto com o grupo Akatsuki que estão atrás do demônio selado dentro dele.

Para se preparar, Naruto sai da vila de Konoha para se submeter a um treinamento com Jiraya. Ao mesmo tempo Sakura se torna aprendiz de Tsunade, e enquanto isso Sasuke treina sob os cuidados de Orochimaru. Assim, os três membros do "time 7" estão treinando agora sob os cuidados de um Sannin lendário.